学校本着“平安校园”的原则，按照相关规定制定了《宁波大学大型仪器设备年度考评办法》、《宁波大学大型仪器设备开放共享管理暂行办法》、《宁波大学仪器设备管理办法》、《虚拟仿真实验室安全管理制度》等制度。除了在制度上有规定，中心还做到：
1) 中心实行安全责任制，中心主任为第一责任人，各实验分室主任则负责相应实验分室的安全管理，并向中心主任负责。
2) 实验前的第一堂课是安全、环保和实验习惯教育课，教育学生节约资源，保护环境，掌握安全知识，养成良好的实验习惯。
3) 实验室安全、环保设备齐全，符合国家规范。实验室装有烟感报警器，备有消火栓、消防水枪、各类灭火器等必要的消防设施。各实验室的实验废物处理有严格规定，各种废液、废物有专门的容器存放，然后集中处理。
4) 实验中心制定了“实验室安全和管理规定”，学生进入实验室前要先要学习《实验室安全手册》，接受安全、环保和实验习惯教育。学生在开展实验前需签定实验室安全责任书。任课教师注重教育学生节约资源、保护环境、掌握安全知识、养成良好的实验习惯。实验室张挂安全规章制度，有指定的技术人员负责实验室的安全工作，通过安全目标责任制，把实验室安全落实到人，使相关人员能自觉维护实验室安全。
